适用的范围不同。审批制只适用于投资项目；核准制则适用于企业不使用资金投资建设的重大项目和类项目；备案制适用于企业投资的中小项目。
审核的内容不同。项目备案：备案审查内容包括是否符合法律、法规及其它有关规定，是否符合国家产业、投资的规定，是否符合行业准入标准，是否属于 审批或核准而不应进行备案项目。项目核准：项目核准的内容包括是否符合国家法律法规，符合国民经济和社会发展规划、行业规划、产业、行业准入标准和土地利用总体规划。符合国家宏观，地区布局合理，主要产品未对国内市场形成垄断，未影响国家经济安全，合理开发并有效利用资源，生态环境和自然遗产得到有效保护，未对公众利益、特别是项目建设地公众利益产生重大影响。
程序环节不同。过去的审批制一般要经过项目建议书、可研报告、初步设计等多个环节，而核准制、备案制只有项目申请核准或备案一个环节。项目备案：企业投资项目备案申请表、项目单位法人工商登记证明。项目核准：项目核准需申报的材料有项目申请报告书、规划选址意见书、项目用地预审意见书、环境影响评价意见书、有关法律法规规定的其它材料。
项目备案机关（以下简称备案机关）是县（市、区）发展和改革委员会，项目备案复核机关（以下简称复核机关）是省辖市发展和改革委员会，项目备案监督机关（以下简称监督机关）是省发展和改革委员会。
备案申报单位申报项目备案时，应根据有关法律、法规和规章规定提供相关材料，并如实提供营业执照、项目法人基本情况、法定代表人证明书等书面证明材料，并加盖本单位公章。
法律依据：
《中华人民共和国》第二条
中华人民共和国的一切权力属于人民。
人民行使国家权力的机关是全国人民代表大会和地方各级人民代表大会。人民依照法律规定，通过各种途径和形式，管理国家事务，管理经济和文化事业，管理社会事务。
《中华人民共和国标准化法》第十四条
对保障人身健康和生命财产安全、、生态环境安全以及经济社会发展所急需的标准项目，制定标准的行政主管部门应当优先立项并及时完成。